Повечето са причинени от спонтанни генетични мутации или промени в яйцеклетките или сперматозоидите преди зачеването. Други заболявания са причинени от гени, наследени от един или и от двамата родители. Независимо от случая, на двама родители с обичаен ръст може да им се роди дете с някаква форма на нисък ръст, като най-вероятната причина е спонтанна мутация. Възможно е също така на родители с нисък ръст да им се роди напълно здраво дете, но това зависи от заболяването на родителите.
Все още не е установено с точност какво кара гените да мутират. Изглежда, че мутацията настъпва случайно, непредотвратима е и може да се случи при всяка бременност. В повечето случаи, когато на родители с обичаен ръст им се роди дете с нисък ръст вследствие на спонтанна мутация, в изключително редки случаи може и второто им дете да е ниско. При родители с нисък ръст обаче, много голяма е вероятността децата им също да са с нисък ръст.
Ниският ръст може да се дължи и на други причини, каквито са метаболитните или хормоналните разстройства в детството. Хромозомните аномалии, хипофизните разстройства, които влияят на растежа и метаболизма, проблеми с правилното усвояване на хранителните вещества и бъбречни заболявания, случили се в детска възраст, също могат да доведат до нисък ръст.